Баязид был рожден в Константии (Стамбул) в 1525 году и был сыном Сулеймана Великолепного от его любимой жены Хюррем-султан.

В 1541 году Баязид принял участие в своем первом военном походе (Венгрия). А в 1546 году уже был назначен наместником Карамана.

В 1553 году молодой шехзаде был провозглашен вторым наследником.

Как свидетельствуют современники:«Баязид был несоизмеримо более достойным преемником, чем шехзаде Селим. Он был фаворитом янычар, которым напоминал своего великого отца и от которого унаследовал лучшие черты своего характера».

Разумеется, между братьями началось ожесточенное соперничество (существуют сведения, что одной из причин, послуживших этому, стала интрига Лала Мустафы, наставника обоих шехзаде, который ловко «стравил» братьев). Сулейман (который, как писал Бусбек: «полностью отдавал себе отчет в том, что весь мир наблюдает соперничество между его сыновьями») старался препятствовать этому, отправив сыновей наместниками в разные концы империи.

Но вскоре умерла Хюррем-султан (1558 год), и теперь уже ничто не могло удержать братьев от открытого противостояния.

Воспротивившись назначению в Амасью (где совсем недавно служил шехзаде Мустафа, и волнения по поводу его казни все еще не стихли), шехзаде Баязид с  верными ему войсками выступил на Конью. Селим, опираясь на присланные отцом военные контингенты, выступил навстречу Баязиду и одержал блистательную победу. Он вынудил брата отступить к Эрзеруму, откуда тот бежал к персидскому шаху Тахмаспу вместе со своими сторонниками и 4 сыновьями.

Сначала Сефевиды (персидская династия) приняли опального шехзаде с почестями и дарами, полагающимися сыну великого султана Сулеймана. На что Баязид ответил Тахмаспу подарком, включавшим пятьдесят туркменских скакунов в роскошной сбруе и впечатлившую персов демонстрацию османской верховой езды.

Затем последовал дипломатический обмен письмами между послами Сулеймана, требовавшими выдачи или казни предателей, и Тахмаспом, который сопротивлялся и тому, и другому, исходя из законов мусульманского гостеприимства. Поначалу шах использовал своего царственного заложника, пытаясь выторговать территории, захваченные османами в Месопотамии, но Сулейман не пошел на такие уступки. Он пригрозил: если шах надеется сохранить мир, то должен выдать Баязида и послал Тахмаспу 4 тыс. золотых. Для казни шехзаде в Казвин (Персия) прибыл уполномоченный палач из Константинии. Баязида и его сыновей (Орхан, Осман, Абдулла, Махмуд) удавили (1562 год). Все это время в Бурсе оставался Мурад - самый младший (трехгодовалый) из сыновей Баязида. Сулейман ребенка не пощадил.